تعمیر و نگهداری معمول غشاهای MBR نیاز به مدیریت مداوم دارد، معمولاً به صورت ساعتی تا روزانه. به عنوان مثال، سیستم های هوادهی باید 24 ساعت شبانه روز کار کنند تا از تجمع لجن روی سطح غشا جلوگیری شود. شستشوی معکوس آنلاین دوره‌ای در حین کار، معمولاً هر چند دقیقه تا ده‌ها دقیقه، برای حفظ شار غشا پایدار انجام می‌شود. این مرحله تعمیر و نگهداری مداوم است و مستلزم خرابی نیست.
تعمیر و نگهداری منظم معمولاً به صورت هفتگی تا ماهانه انجام می شود. شستشوی معکوس فشرده یا تمیز کردن ترمیمی تقریباً هر 1 تا 4 هفته انجام می شود تا آلاینده های آلی انباشته شده و گرفتگی ذرات به تدریج حذف شوند. اگر سیستم با کیفیت آب ضعیف یا بار زیاد کار کند، فرکانس نگهداری افزایش می‌یابد تا از افزایش مداوم اختلاف فشار گذرنده (TMP) جلوگیری شود.
تعمیر و نگهداری عمیق و تمیز کردن شیمیایی معمولاً هر 3 تا 6 ماه انجام می شود. تمیز کردن شیمیایی (CIP) از عواملی مانند هیپوکلریت سدیم و اسید سیتریک برای حذف آلاینده های برگشت ناپذیر استفاده می کند. برای سیستم هایی با شرایط عملیاتی بهتر، این چرخه ممکن است به 6 تا 12 ماه یا حتی بیشتر افزایش یابد. چرخه های تعمیر و نگهداری معقول می تواند به طور قابل توجهی طول عمر بیوراکتور غشایی را افزایش دهد و عملکرد پساب را پایدار نگه دارد.