ماژول های EDI معمولاً از چندین مؤلفه کلیدی تشکیل شده اند که با هم کار می کنند تا انتقال داده ها را بین شرکت ها استاندارد و خودکار کنند. به طور کلی، آنها را می توان به یک لایه تبدیل داده، یک لایه انتقال ارتباط، یک لایه نقشه برداری تجاری و یک لایه یکپارچه سازی سیستم تقسیم کرد که هر کدام وظایف خاص خود را دارند.
ماژول تبدیل داده و نقشه برداری یکی از اجزای اصلی EDI است. این مسئول تبدیل داده های خام از سیستم های داخلی سازمانی (مانند داده های ERP یا CRM) به پیام های EDI مطابق با فرمت های استاندارد، مانند EDIFACT یا ANSI X12 است. به طور همزمان، آن را نیز مسئول تجزیه معکوس داده ها از شرکای خارجی، تبدیل آن به داده های ساختاری قابل تشخیص توسط سیستم های داخلی شرکت است. قوانین نقشه برداری میدانی و قوانین اعتبارسنجی داده ها نقش مهمی در این فرآیند دارند.
ماژول ارتباط و انتقال در درجه اول مسئول انتقال امن پیام های EDI بین شرکت های مختلف است. روش‌های رایج شامل شبکه‌های VAN، پروتکل‌های AS2، یا روش‌های انتقال مبتنی بر API{2}}می‌شوند. این ماژول معمولاً شامل صف‌های پیام، مکانیسم‌های تلاش مجدد و نظارت بر وضعیت انتقال برای اطمینان از تحویل مطمئن داده‌ها حتی در محیط‌های شبکه پیچیده است.
ماژول یکپارچه سازی و مدیریت سیستم برای جاسازی قابلیت های EDI در سیستم های تجاری موجود شرکت استفاده می شود. معمولاً عمیقاً با ERP، WMS یا سیستم‌های مدیریت زنجیره تأمین یکپارچه شده است تا فرآیندهای تجاری مانند پردازش سفارش، حمل و نقل و آشتی را خودکار کند. به طور همزمان، این ماژول توابع ثبت، مدیریت استثنا و نظارت را فراهم می کند و ردیابی و مدیریت فرآیندهای تبادل داده را برای مشاغل تسهیل می کند.