پیکربندی اصلی ماژول های EDI معمولاً حول سه حوزه می چرخد: قابلیت همکاری ارتباطی، پردازش داده ها و همکاری تجاری. این امر تبادل پایدار و دقیق داده های تجاری بین سیستم های مختلف سازمانی را تضمین می کند. در عمل، این پیکربندی‌ها عموماً در یک پلتفرم یکپارچه‌سازی یا میان‌افزار تکمیل می‌شوند و با توجه به نیازهای شرکای مختلف سفارشی می‌شوند.
پیکربندی لایه ارتباطی بر تنظیم روش قابلیت همکاری و پارامترهای امنیتی، مانند استفاده از پروتکل‌های انتقال مانند شبکه‌های AS2، SFTP یا VAN تمرکز دارد. همچنین نیاز به پیکربندی اطلاعات شناسایی (شناسه شریک)، گواهی‌ها، روش‌های رمزگذاری و قوانین امضای هر دو طرف ارتباط دارد تا از امنیت و یکپارچگی داده در حین انتقال اطمینان حاصل شود. علاوه بر این، تنظیمات صف پیام، مکانیسم‌های تلاش مجدد و قوانین زمان‌بندی نیز تحت این بخش قرار می‌گیرند که برای بهبود قابلیت اطمینان انتقال استفاده می‌شود.
پیکربندی داده ها و کسب و کار عمدتاً شامل تعاریف نوع پیام، قوانین نگاشت میدان و قوانین تبدیل قالب است. ساختارهای داده اغلب بین شرکت‌ها متفاوت است، بنابراین پیکربندی‌های نگاشت برای نگاشت فیلدهای سیستم داخلی به فیلدهای استاندارد EDI مورد نیاز است. قوانین راه‌اندازی کسب‌وکار نیز پیکربندی شده‌اند، مانند تولید سفارش، بازخورد ارسال، یا چرخه‌های آشتی، که تبادل داده‌های EDI را قادر می‌سازد تا در فرآیندهای تجاری خاص جاسازی شود.