از نظر ساختاری، عملکرد آب بندی یک غشاء MBR در درجه اول به انتهای کپسوله شدن فیبر غشا، اتصال محفظه غشاء و رابط خط لوله نفوذ بستگی دارد. غشاهای الیاف توخالی معمولی از رزین اپوکسی یا ترکیب گلدانی برای تثبیت الیاف غشایی در لوله جمع‌آوری استفاده می‌کنند و اطمینان حاصل می‌کنند که آب خام از غشای فیلتر عبور نمی‌کند و مستقیماً وارد انتهای نفوذی نمی‌شود. آب بندی ضعیف می تواند منجر به پدیده "جریان کوتاه-" شود که به فاضلاب تصفیه نشده اجازه می دهد تا وارد سیستم پساب شود و به طور مستقیم بر کیفیت پساب تاثیر بگذارد.
عملکرد آب بندی نیز ارتباط نزدیکی با شرایط مکش فشار منفی سیستم دارد. بیوراکتورهای غشایی معمولاً تحت فشار منفی خفیف کار می کنند. اگر ساختار آب بندی ناپایدار باشد، هوا می تواند به راحتی وارد شود یا ممکن است نشت های موضعی وجود داشته باشد که توزیع فشار روی سطح غشاء را مختل می کند و منجر به کاهش شار یا افزایش رسوب غشاء می شود. بنابراین، عملکرد آب بندی خوب برای حفظ دیفرانسیل فشار غشایی پایدار (TMP) اساسی است.
عملکرد آب بندی همچنین در دوام طولانی مدت، از جمله مقاومت در برابر پیری، خوردگی شیمیایی، و تغییرات دما منعکس می شود. با عملیات طولانی مدت، ماده آب بندی ممکن است سخت شود یا ریزترک ایجاد کند، بنابراین برای اطمینان از قابلیت اطمینان، نیاز به بازرسی و نگهداری منظم دارد. در مجموع، عملکرد آب بندی غشاهای MBR ارتباط مستقیمی با ایمنی پساب سیستم و پایداری عملکرد آن دارد و یکی از شاخص های مهم برای ارزیابی کیفیت ماژول های غشایی است.